La struttura urbanistica si distingue, per una sorta di gioco di un architetto bizzarro, in tre differenti nuclei:
- la “città bassa”, posta sull’acrocoro meridionale del promontorio, che si distingue per la presenza di una gran quantità di chiese tutte di pregevole fattura, quali: Chiesa del Carmine innalzata nel 1574 sul luogo ove sorgevano due piccoli templi, Chiesa di S.Giacomo edificata nel 1434 quale voto fatto sotto re Alfonso d'Aragona, per aver questi liberata Milazzo, da un assedio di Luigi d'Angiò re di Napoli, il Duomo di S.Stefano moderna costruzione iniziata nel 1937 ed inaugurata ed aperta al culto nel 1951, custodisce opere di grande valore artistico, provenienti da chiese più antiche come dipinti del '400 siciliano, Chiesa di S.Maria Maggiore, Chiesa di S.Caterina di epoca bizantina, Chiesa del S.S.Crocifisso già esistente nell'anno 1566 ma di seguito restaurata;
- la “città alta” o “città murata” del Borgo antico, che è quella più remota, di chiara impronta medioevale, dove troviamo il Castello romano-bizantino, bene della Comunità Economica Europea, esemplare unico dell’arte fortificatoria in Sicilia, con il suo Borgo Antico; da segnalare anche: Santuario di S. Francesco da Paola, Chiesa dell'Immacolata, Chiesa del S.S.Salvatore, Chiesa di S.Gaetano, Chiesa di S.Rocco, Chiesa della Madonna del Rosario, Chiesa di S.Giuseppe, Il Palazzo dei Vicerè e dei Governatori
- la “città nuova” in pianura, ove inaspettatamente si trova l’ottocentesco Palazzo Comunale, la Chiesa dell’Addolorata, sorta tra il 1810 ed il 1813, la Chiesa di San Nicola, nella “Villa Lucifero” (sec. XVII-XIX), il Santuario di S. Antonio da Padova e la Chiesa della S.S. Trinità.
Oltre alle innumerevoli risorse cultuali appena elencate, Milazzo, con la sua flora e la sua fauna rimane un’ “isola” naturalistica davvero molto interessante. Per godere le bellezze dei luoghi e del paesaggio e permettere agli amanti della natura un’osservazione più approfondita sono, infatti, possibili ben due percorsi: Salita Monte Trino, della durata di 20 minuti circa e La Baronia.